Jesień 2007 roku, granica słowacko-ukraińska. Po obu jej stronach mieszkańcy utrzymują się głównie z przemytu, nie tylko rozmaitych dóbr, ale i ludzi. Niebawem Słowacja ma jednak stać się częścią strefy Schengen, co wiąże się z koniecznością uszczelnienia granicy. Przełomowy moment budzi nerwowość wśród mieszkańców okolic, ale jednocześnie to także szansa na ostatnią wielką kontrabandę. Wśród próbujących zarobić w ten sposób parę groszy jest Adam, osiłek dbający o los swojej licznej rodziny: żony, matki i trzech córek. Najstarsza z nich właśnie zachodzi w ciążę, a Adam wciąga do grupy przemytników jej świeżo poślubionego męża. Razem z innymi mężczyznami z sąsiedztwa szykują się do spektakularnej akcji, która wymyka się spod kontroli.

Fabularnie "Dzieci Diuny" łączy w sobie wątki z drugiego i trzeciego tomu cyklu: "Mesjasza Diuny" i "Dzieci Diuny". Tematem filmu jest walka Paula Atrydy z zakonem Bene Gesserit, który nie potrafi kontrolować Muad'Diba, a także wydarzenia, które miały miejsce po odejściu Paula na pustynię, kiedy rozpoczęła się Ekologiczna Transformacja Diuny, a na Arrakis pojawił się tajemniczy starzec zwany Kaznodzieją.