Trwają przygotowania do ślubu Paige i Edwarda, kiedy wychodzi na jaw, że wedle prawa małżeństwo nie może zostać zawarte. Aby być z ukochaną, młody król musiałby zrzec się korony.

Fabularnie "Dzieci Diuny" łączy w sobie wątki z drugiego i trzeciego tomu cyklu: "Mesjasza Diuny" i "Dzieci Diuny". Tematem filmu jest walka Paula Atrydy z zakonem Bene Gesserit, który nie potrafi kontrolować Muad'Diba, a także wydarzenia, które miały miejsce po odejściu Paula na pustynię, kiedy rozpoczęła się Ekologiczna Transformacja Diuny, a na Arrakis pojawił się tajemniczy starzec zwany Kaznodzieją.