Minęło dwanaście tysięcy lat, odkąd demony cienia zostały wygnane z Ziemi. Teraz powracają, by siać spustoszenie i zamęt. Jedynym narzędziem przeciw demonom jest mech Aquarion, odnaleziony w starożytnych ruinach...

Odległa przyszłość. Po dwunastu tysiącach lat nieobecności powróciły Anioły Cienia. Tajemnicze istoty
porywają ludzi i kradną z nich energię życiową. Jedyną bronią ludzkości przeciw najeźdzcy są trzy roboty, które razem tworzą
potężną broń zwaną Aquarionem. Za sterami tego mecha zasiada trójka pilotów posiadających nadprzyrodzone zdolności.