W 2045 r. świat znajduje się w stanie permanentnej "zrównoważonej wojny", ale świadomość, że ludzki gatunek może czekać zagłada ze strony sztucznej inteligencji, jeszcze się nie upowszechniła. Byli członkowie elitarnej Sekcji 9, w tym major-cyborg Motoko Kusanagi, prowadzą działalność jako świetnie wyszkoleni najemnicy. Tymczasem na świecie zaczynają się pojawiać tajemnicze istoty znane jako "post-ludzie". Globalne superpotęgi próbują poradzić sobie z nowym zagrożeniem, co powoduje też przetasowania wewnątrz Sekcji 9.