W 2045 r. świat znajduje się w stanie permanentnej "zrównoważonej wojny", ale świadomość, że ludzki gatunek może czekać zagłada ze strony sztucznej inteligencji, jeszcze się nie upowszechniła. Byli członkowie elitarnej Sekcji 9, w tym major-cyborg Motoko Kusanagi, prowadzą działalność jako świetnie wyszkoleni najemnicy. Tymczasem na świecie zaczynają się pojawiać tajemnicze istoty znane jako "post-ludzie". Globalne superpotęgi próbują poradzić sobie z nowym zagrożeniem, co powoduje też przetasowania wewnątrz Sekcji 9.

Sezon 2:
Po tajemniczym zakończeniu pierwszego sezonu bitwa między Sekcją Dziewiątą i zagrażającymi całej ludzkości postludźmi w końcu się zaczęła. Drugi sezon, zrealizowany w całości z wykorzystaniem grafiki komputerowej, opowiada mrożącą krew w żyłach, ekscytującą historię. Czy postludzie to wynik ewolucji człowieka zgodnej z wizją przedstawioną w "Ghost in the Shell"? Już wkrótce poznamy ostateczną odpowiedź na to pytanie.