Yuuji Sakai, przeciętny uczeń szkoły średniej, pewnego dnia dowiaduje się, że... jest martwy. Jego energia życiowa została pochłonięta przez nieznane siły, a on sam jest tylko tymczasową kopią samego siebie. Niespodziewanie, w jednej chwili, całe jego życie rozsypuje się na kawałki, a on wkracza w światy, których istnienia dotąd nawet nie podejrzewał. To właśnie tam spotyka tytułową Ognistooką Shanę, dziewczynę, która walczy z Tomogara - przybyszami ze świata Guze, polującymi w naszym świecie na ludzkie istnienia.

"Ty już nie istniejesz" - takie oto słowa, na dobry początek całej historii, słyszy główny bohater, Sakai Yuji. Nagła śmierć to jednak nie koniec jego kłopotów. Poznanie prawdy o otaczającym go świecie na zawsze odmieni jego spokojne dotąd życie. A nowo poznana ognistooka, płomiennowłosa dziewczyna wcale nie ma zamiaru pomóc mu odnaleźć się w tej nowej sytuacji...