Akcja anime rozgrywa się w miesiąc po wydarzeniach z 'Saber Marionette J OAV'. Jest to ostatnia z trzech części historii o Lime, Cherry i Bloodberry. Dziewczyny coraz lepiej poznają świat, który je otacza, a wraz z nim same siebie. Niestety ich spokój zostaje zniszczony przez pojawienie
się złego Fausta, który kolejny raz grozi zniszczeniem świata. Nawet tajemniczy doktor Hess ma własny plan...