Saitou Yakumo jest studentem z dwoma różnymi kolorami oczu. Prawe, czarne oko jest normalne, natomiast lewe nie tylko jest czerwone, ale także pozwala mu widzieć duchy, widma i zjawy. Yakumo uważa, ze duchy pozostają na ziemi z powodu pewnej "sprawy", a jej rozwiązanie sprawi, że dusza odzyska spokój. Poproszony o pomoc przez studentkę drugiego roku, Ozawę Harukę, zaczyna śledztwo.