Już w pierwszym odcinku zanotowano błąd – w chwili pogoni za Foot Ninja, gdy Żółwie używają klapy w suficie, na ekranie pojawia się ich 5: dwaj Leonardo, dwaj Raphealowie i Michelangelo
W komiksie główni bohaterowie mają opaski jednej barwy - czerwonej. W serialu każdy z nich ma opaski innego koloru, żeby było ich łatwiej odróżnić.