Najnowszy serial animowany, opowiadający przygody mutantów - ludzi, którzy posiadają w swoim DNA gen X, dający im nadprzyrodzone zdolności.
Profesor Charles Xavier, potężny telepata, założył Instytut dla osób posiadający niezwykłe talenty. Niestety, ktoś zaatakował szkołę, a Charlesa Xaviera i jego uczennicę Jean Grey - porwano. Reszta drużyny rozpadła się. Po jakimś czasie, profesor łączy się telepatycznie z jednym ze swoich dawnych uczniów - ponurym Wolverinem, którego prosi o ponowne zjednoczenie drużyny. Wolverine wraz z min. Cyklopem, Shadowcat, Nightrawlerem, Kolosem, Storm i Bestią, postanawiają odnaleźć profesora.

Po ataku na akademię X-menów i zniknięciu Xaviera oraz Jean drużyna X-men rozpada się. Mija rok. Wolverine podróżuje po stanach swoim motocyklem. Podczas wypadku ratuje małą dziewczynkę, jednak sam zostaje ranny. Jej rodzice mimo protestu ludzi zabierają go do siebie, aby pomóc mu się wyleczyć. Jednak zostają oni pojmani przez specjalną jednostkę do walki z mutantami. Tylko Wolverine ucieka. Namawia Beast'a aby w imię starej przyjaźni pomógł mu odbić dziewczynkę i jej rodziców. Po udanej walce przyjaciele postanawiają wskrzesić drużynę X-menów - jednak nie będzie to łatwe: Scott popadł w depresję i nie chce nawet słyszeć o powrocie do drużyny, Angel wrócił do ojca i pragnie z nim pozostać, a Rogue dołącza do Bractwa Mutantów...