Wydarzenia w "A-Men 2" bezpośrednio kontynuują wątki zakończone w pierwszej części gry. Zadania, jakie przygotowali dla nas producenci w nowej odsłonie, są jednak nieporównywalnie bardziej wymagające. Oddział jednostki specjalnej A-men ma za zadanie unicestwić ocalałe po wybuchu fabryki A-Droidy a tym samym zapobiec rozrastającemu się bezładowi.