Po torturach zafundowanych mu przez agentów Belltower oraz pozbawieniu ulepszeń, Adam Jensen musi zdać się na swoje umiejętności i uciec z frachtowca zmierzającego w nieznanym kierunku. Walcząc na statku o przetrwanie, odkrywa jeszcze jedną warstwę intrygi, o której wcześniej w ogóle nie miał pojęcia. Jako Adam, gracze pozyskają nowych, tajemniczych sprzymierzeńców i walczyć będą z bezwzględnymi przeciwnikami by odkryć, co działo się w tle wydarzeń znanych z "Deus Ex: Bunt Ludzkości".