W grze "Extermination" wcielamy się w Denisa Rileya, który musi rozwikłać tajemnicę jednostki badawczej, z którą od jakiegoś czasu nie ma żadnego kontaktu. Akcja toczy się w Forcie Stewart, gdzie pod kryptonimem Origin prowadzono badania nad istotą pozaziemską. Utrata kontaktu z bazą, zmusza władze do wysłania oddziału zwiadowczego, w którym znajduje się nasz bohater. Samolot transportujący nas do punktu zrzutu ulega wypadkowi, a każdy z członków załogi musi radzić sobie sam w mroźnym klimacie. Poza zmaganiem się z potworami, gracz od czasu do czasu będzie musiał rozwiązywać rozmaite zagadki.