Akcja gry rozgrywa się w odległej przyszłości, w XXIV wieku. Ludzie, zjednoczeni pod sztandarem GTA (Galactic Terran Alliance - Terrańskiego Sojuszu Galaktycznego) od czternastu lat toczą kosmiczną wojnę z obcą rasą - Vasudan. W konflikt niespodziewanie włącza się trzecia siła - flota tajemniczej nacji Shivan, dysponujących bardzo zaawansowaną technologią , która atakuje zarówno Terran jak i Vasudan. Dawni wrogowie zmuszeni są odłożyć na bok zadawnione urazy i zjednoczyć się przeciw wspólnemu zagrożeniu.