Trochę minęło i nie wiem czy pytanie wciąż aktualne, ale ja to widzę tak:
Maszyny miały zdolność do replikowania się i paliwem była biomasa czyli wszystko co żyje. W wyniku replikacji uległ uszkodzeniu lub się odrobinę zmutował kod źródłowy i najwidoczniej maszyny miały tylko jeden cel - "rozmnażać się" i oczywiście nie dać się zniszczyć. Nie wiem jak dokładnie było z wojną z ludźmi, bo widzę trzy opcje:
a) włączył im się plan destrukcji wszystkiego,
b) uznały ludzi za zagrożenie, po tym jak Ci spróbowali wyłączyć/zniszczyć maszyny,
c) po prostu kontynuowały replikację i uzupełniały paliwo.
Co do Hadesa, to o ile dobrze pamiętam to przez jakiś impuls, najprawdopodobniej pochodzący z wyładowania atmosferycznego, uszkodził Hadesa i ten w wyniku usterki się uwolnił. To, że Hades chciał wszystko zniszczyć nie było efektem wirusa, bo Hades został napisany po to, by wszystko zniszczyć jakby Gai coś nie pykło (ona sama by nie potrafiła bo miała uczucia). Możliwe też jest, że gość zajmujący się pisaniem Hadesa źle napisał zabezpieczenia przed uruchomieniem zagłady.

No ale mimo wszystko w scenie po napisach jest mowa o władcach którzy uruchomili hadesa i to mnie zaatanawia.

Ano myślę że to po prostu wyjście do kontynuacji. Grając w tę grę wiemy o całym w niej zawartym świecie tyle co główna bohatetka (co mi się bardzo podoba) Sequel jest planowany z tego co mi wiadomo i wydaje mi się że dopiero wtedy dowiemy się kto lub co rządzi maszynami. Na chwilę obecną wiemy tylko tyle ile udało nam się odkryć podczas podróży bohaterką.
Hades ogólnie był podsystemem Gai odpowiedzialnym za restart świata gdyby coś poszło nie tak. Prawdopodobnie z samym Hadesem coś poszło nie tak i postanowił zrestartować wszystko