Fabuła gry "Kuon" została osadzona w XII wieku, podczas panowania dynastii Heian w Japonii. Kierujemy poczynaniami trzech bohaterów, a akcja skupia się wokół mężczyzny o imieniu Doman - egzorcysty, który musi zbadać tajemniczy dwór. Gdy ten długo nie wraca z wyprawy, córka w trosce o ojca, wyrusza razem z siostrą na jego poszukiwania. Jednakże zły splot wydarzeń doprowadza do tego, że jej siostra zostaje zaczarowana przez złe duchy i staje się demonem. W międzyczasie młoda dziewczyna o imieniu Sakuya - uczennica egzorcysty - również stara się odnaleźć Domana.