Generał Morden, na czele rebelianckiej armii, przeprowadził serię zamachów stanu na całym świecie i wszedł w posiadanie nowoczesnych czołgów Metal Slug  Kontratak sił międzynarodowych nie przyniósł żadnych rezultatów. Jedyną szansą na zatrzymanie generała jest oddział komandosów z Peregrine Falcon Strike Force. Kapitan Marco Rossi i porucznik Tarma Roving mają za zadanie zlokalizować i zniszczyć bazę rebeliantów wraz ze śmiercionośnymi czołgami.