Gra "Naruto Rise of a Ninja" przedstawia przygody popularnej postaci anime. 12 lat temu, złowrogi lis-demon z 9 ogonami zaatakował wioskę Konoha. Wielu ninja poległo w trakcie walki, aż w końcu najpotężniejszy z nich zaklął duszę potwora w ciele noworodka... Naruto.

Teraz Naruto dorósł i został hiperaktywnym uczniem ninja, którego bardziej interesują psikusy, niż zadania domowe. Mimo to, chce zostać największym ninja w historii! Zrobi wszystko, by zrealizować swoje marzenie, a dzięki ciężkiej pracy zyska szacunek i akceptację. Oto właśnie narodziny ninja!