Bohaterem "Styx: Master of Shadows" jest mistrz skrytobójca, dwustuletni goblin Styx. Gracze poznają jego przeszłość, a także dowiedzą się co nim kieruje. Głównym celem gry jest kradzież serca World Tree, będącego źródłem bursztynu, dającego ogromną moc, a co za tym idzie bajeczne bogactwa.