Pierwsza gra z Wojowniczymi Żółwiami Ninja na platformę SNES-a. Po raz kolejny wcielamy się w zmutowanych zielonych bohaterów: Leo, Ralpha, Mike'a i Dona, by walczyć ze Shredderem oraz podległemu mu Klanowi Stopy. Tym razem ich największy antagonista kradnie Statuę Wolności i wyzywa bohaterów na pojedynek. W czasie pogoni Żółwie zostają złapane w pułapkę, a następnie wysłane w podróż w czasie. Walcząc z oddziałami przeciwników w przeszłości oraz przyszłości staramy się odnaleźć drogę do domu.

Port SNES-a przyniósł za sobą nowe możliwości dla gry w stosunku do trzech części na NES-a. Rozgrywka stała się dynamiczniejsza i bardziej rozbudowana. Każdy ze zmutowanych gadów dostał własny zestaw ciosów, silne strony oraz słabości. Początkowe poziomy rozgrywają się w miejscówkach Nowego Jorku oraz Technodromie, by następnie przenieść tło wydarzeń w różne epoki historyczne. Na drodze staną nam oddziały Klanu Stopy. Wśród przeciwników odnajdziemy postacie znane z animowanego serialu "Wojownicze Żółwie Ninja", jak i filmu aktorskiego "Tajemnica szlamu".