Akcja filmu dzieje się w sześć lat po wydarzeniach z "Poly-Matrix". Armitage i Sylibus są szczęśliwym i spokojnie żyjącym małżeństwem, mają małą córeczkę Yoko, i wciąż mieszkają na Marsie. Lecz pewnego dnia ktoś atakuje fabrykę "trójek" na Ziemi. Armitage postanawia się tym zająć, jako ostatnia z modelu trzeciego...