Od lat najpotężniejsi wojownicy na świecie walczyli w turnieju Battle Arena Toshinden, aby sprawdzić swoje umiejętności pod patronatem enigmatycznej Organizacji. Historia anime kręci się wokół dwóch przyjaciół, Eiji Shinjo i Kayina. Obydwoje desperacko chcą rozwikłać tajemnicę starszego brata Eijiego - potężnego wojownika o imieniu Sho, który w przeszłości pokonał i zabił ojca Kayina tuż przed zniknięciem. Drugą rzeczą, którą chcą razem osiągnąć jest zostanie czołowymi wojownikami turnieju. Na ich nieszczęście aktualnie odbywający się turniej zostaje przerwany przed rozstrzygnięciem jego zwycięzcy. Okazuje się, że lider organizacji patronującej turniejowi, którym jest maniakalny tyran Uranus, wykorzystywał turniej Toshin, aby zbierać informacje o wojownikach w nim występujących, które wykorzystał w tajnym projekcie mającym na celu stworzenie żołnierzy na tyle potężnych, aby bez problemu rozprawili się z uczestnikami turnieju. Bieg wydarzeń powoduje, iż zjawia się Sho, któy łączy swoje siły z Organizacją i razem z atakują uczestników turnieju. Eiji i Kayin postanawiają odkryć powiązania pomiędzy swoimi dwoma postanowieniami, a zatrważającymi planami złego Uranusa...