Imperium Czarnej Mgławicy atakuje Ziemię i grozi, że zniszczy planetę za pomocą ładunku wybuchowego umieszczonego na jej powierzchni. Jakakolwiek próba rozbrojenia bomby lub zatrzymania jej licznika będzie skutkować eksplozją. Od tej pory nadzieja ludzkości spoczywa w załodze Yamato, która udaje się do Czarnej Mgławicy Planet, by znaleźć sposób na rozbrojenie ładunku, zanim będzie za późno.