Po zabiciu Joninów z wiosek Mgły oraz Kamienia, a także próbie zabójstwa lidera Ukrytej Wioski Błyskawicy, Naruto zostaje uwięziony w Hozūkijo, placówce dla przestępców, inaczej zwanej: Więzieniem Krwi. Naczelnik placówki, Mūi, używa potężnego jutsu do kradzieży mocy oraz umiejętności przetrzymywanych tam więźniów. W Więzieniu Krwi coś zdaje się czyhać na życie Naruto. Dla przyjaciół chłopca rozpoczyna się walka, w której stawką jest prawda oraz życie Naruto.