Po dotkliwej klęsce z Godzillą kapitan statku kosmicznego Aratrum próbuje skontaktować się z pozostającym na Ziemi Haruo Sakakim. Dowódca wysyła drony poszukiwawcze i okazuje się, że żołnierz został uratowany przez mieszkankę z plemienia Houtua, która przeżyła straszliwą katastrofę planety. Sakakiemu udaje się również nawiązać kontakt z drugim oddziałem żołnierzy. Razem, wspomagani przez członków Houtua, odkrywają wymarłe miasto. Okazuje się, że zostało ono stworzone przez Mechagodzillę, która miała na celu pokonać Godzillę podczas poprzedniej bitwy. Ponownie pojawia się plan ataku na potwora. Skuteczność zagwarantować ma wykorzystanie energii i metalu zdobytych w szczątkach ogromnej maszyny.