Wszystko jest logiczne. Naukowiec sądzi, że source code to tylko coś w rodzaju wirtualnej rzeczywistości, która nie istnieje naprawdę (pojawiają się takie motywy, np. gdy pani kapitan mówi, że "tu" jest prawdziwy świat). Po pocałunku okazuje się jednak, że to nie tylko wirtualna rzeczywistość - utworzona alternatywna rzeczywistość zaczyna żyć własnym życiem i nie kończy się po 8 minutach. W tej ostatniej rzeczywistości kończy się film - nie dochodzi do wybuchu, a pani kapitan dostaje mejla od Seana (nad ranem, gdy w wiadomościach podają, że wybuch pociągu udaremniono). Natomiast w tej pierwszej, "pierwotnej" rzeczywistości do wybuchu doszło, a Stevens został uśmiercony przez panią kapitan zgodnie z własnym życzeniem - film nie traktuje o tym, co się działo potem. Pytanie: co spowodowało, że Stevens wstąpił w Seana w drugiej linii czasu, skoro nie było wybuchu? - Logika nie musi być zachowana w jednej linii czasu, przyczyna tego faktu leży w pierwotnej linii czasu, gdy wybuch nastąpił.

Jeśli chodzi o film z pokręconą fabułą rozczłonkowaną między równoległe linie czasu, to polecam film Primer (pol. Wynalazek), z tym, że tak to wszystko jest duużo bardziej pokręcone ;-)

"W tej ostatniej rzeczywistości kończy się film - nie dochodzi do wybuchu, a pani kapitan dostaje mejla od Seana (nad ranem, gdy w wiadomościach podają, że wybuch pociągu udaremniono). Natomiast w tej pierwszej, "pierwotnej" rzeczywistości do wybuchu doszło, a Stevens został uśmiercony przez panią kapitan zgodnie z własnym życzeniem"-jednak decyzja o tym, zeby usmiercic Seana/Stevensa wynika z otrzymania tego smsa, ktory byl wyslany z "alternatywnej" rzeczywistosci co ma wplyw potem na "realna" rzeczywistosc, tak jakby powstala petla czasowa, ktora sie kreci i kreci ale nie ma pierwotnej przyczyny.

Nie jest wcale powiedziane, że pani kapitan uśmierciła Stevensa pod wpływem otrzymanego SMSa. Mogła to zrobić, ponieważ zwyczajnie poczuła taką wewnętrzną potrzebę, obiecała mu to wcześniej itp. itd. Co natomiast zrobi "alternatywna" pani kapitan w wykreowanej właśnie rzeczywistości równoległej, gdy "nadejdzie zagrożenie, w którym Source Code zostanie użyty" to już jest inna kwestia... być może wpłynie jakoś na Stevensa i ten znowu "stworzy" alternatywną rzeczywistość. Wtedy dopiero będziemy mieli do czynienia ze swego rodzaju pętlą czasową. Jak dla mnie jest zupełnie jasne, że pokazane w filmie światy nie przenikają się wzajemnie.