Życie dziewięcioletniej Nanoha Takamachi wywraca się do góry nogami, gdy postanawia pomóc znalezionej w lesie fretce. Okazuje się ona chłopcem o imieniu Yuno, który posiada zdolność przybierania różnych form i postaci. Od tego momentu Nanoha wkracza w świat magii pełen dziwnych stworzeń, równoległych wszechświatów oraz bitew o artefakty, które pragnie odzyskać jej przyjaciel Yuno. Przy okazji odkrywa też, że sama posiada magiczne zdolności.