"Mężczyźni, którzy nienawidzą kobiet"
Film oparty jest na głównych założeniach i wątkach, które można odnaleźć również w książce. Jednak jak każda ekranizacja nie jest ona wierna oryginałowi. Przenikliwy widz zauważy, że w pierwszej części książki brakuje wielu ważnych wątków, jak: pominięte zostały wątki romansów Mikaela Blomkvista, np. ten z Eriką czy z Cecylią, pominięto wątek córki Blomkvista, uśmiercono Anitę - kuzynkę Harriet - która w książce mieszkała w Londynie, nie został przedstawiony w filmie wątek zawarcia umowy pomiędzy Vangerem Blomkvistem, a co za tym idzie kontrakt Millenium z Vangerem został pominięty, niemal całkowicie pominięto w tej części wątek afery Wennerstroma, w filmie dodano scenę, kiedy Mikael przeszukuje dom Haralda.
"Dziewczyna, która igrała z ogniem"
Z racji tego, że wiele wątków pominięto już podczas ekranizacji pierwszej części nie dało się uniknąć wprowadzenia kolejnych zmian do fabuły powieści, i tak można było zauważyć następujące różnice: raport Teleboriana, dotyczący Lisbeth Salander pochodzi z roku 1991 a nie, jak to zaznaczyli w filmie, z roku 1993, pominięto wątek siostry Lisbeth, w filmie pominięto watek, kiedy Blomkvist, jadąc po Lisbeth na farmę przywiązał Niedermanna do znaku przy drodze, w filmie pominięto w zasadzie wątek przemiany Lisbeth, jak powiększenie piersi, czy usunięcie tatuażu (którego nota bene w filmie w ogóle nie miała), w filmie pozmieniano masę wątków i pozamieniano je w czasie, np. Paolo, który w książce pokonał Niedermanna i uciekł z Miriam z magazynu, w filmie zostaje pokonany przez olbrzyma i razem z dziewczyną zostają podpaleni w środku magazynu.
"Zamek z piasku który runął"
Idąc za ciosem reżyser szwedzkiej wersji ekranizacji trylogii "Millenium" wprowadził także wiele zmian w trzeciej części historii o Mikaelu Blomkviście i Lisbeth Salander. Zmiany w scenariuszu, okazały się w tym przypadku tak istotne, że osoby, które wcześniej książki nie przeczytały mają problem w zrozumieniu fabuły. I tak: reżyser nie zamieścił w filmie wątku o odejściu Eriki z redakcji - w filmie rzeczywiście ktoś jej grozi, ale w zasadzie nie zostaje wyjaśnione kto, w filmie pominięto także informacje na temat tego, kto pomógł Lisbeth Salander w zdemaskowaniu Sekcji - w książce byli to jej przyjaciele hakerzy, w żadnej z części filmu nie pojawia się postać męża Eriki, pominięto wątek handlu żywym towarem - w książce Lisbeth odkrywa, że w starej ceglarni były przetrzymywane prostytutki, zmieniona została zupełnie ostatnia scena filmu, gdzie Lisbeth, zgodnie z książką wpuszcza Mikaela do swojego domu (do swojego życia), w filmie bohaterka zatrzasnęła mu drzwi przed nosem.