(możliwe spoilery!)

Scenariusz do filmu „Prometeusz 2” powstawał długo i być może nadal częściowo jest poprawiany. Aktualnie pracuje nad nim już trzeci scenarzysta (John Logan), który poprawia skrypt, modyfikowany wcześniej aż 15 razy przez poprzedniego scenarzystę.

Według aktualnego stanu wiedzy akcja filmu „Alien: Covenant” ma toczyć się 10 lat po wydarzeniach znanych z „Prometeusza”. W roku 2103 lub 2104 załoga statku kolonizacyjnego „Convenant” (z ang. Przymierze) ma odkryć obcą planetę, która według nich będzie niezbadanym jeszcze rajem, rodzimą planetą Inżynierów. Planeta ma jednak okazać się ciemnym i niebezpiecznym światem, którego jedynym mieszkańcem jest… syntetyk o imieniu David. Davidowi prawdopodobnie uda się odzyskać ciało, lub też większą rolę w filmie przejmie nowszy model androida o imieniu Walter, który będzie członkiem załogi „Covenanta”.
Shaw najprawdopodobniej zginie lub zaginie w wyniku wydarzeń podczas podróży lub w trakcie pobytu na planecie. Możliwy jest także scenariusz, że samotnie poleci dalej szukać innych planet „Inżynierów”.

Bohaterowie pierwszej części pragnęli dostać się na rodzimy świat Inżynierów. Czy jest nią nowa planeta, na którą dotrze również statek „Przymierze”? Jeżeli tak – dlaczego jest wymarła? Czy Inżynierów zaatakowały stworzenia powstałe z czarnej, biologicznej substancji, która przyczyniła się do wyniszczenia załogi statku „Prometeusz”? Dlaczego tą substancję stworzono i w jakim celu? Jeżeli miała być bronią, kogo i dlaczego obawiali się Inżynierowie?
Na te wszystkie pytanie możemy uzyskać pełne lub szczątkowe odpowiedzi oglądając „Prometeusza 2”.

W filmie nie zobaczymy ponownie postaci Diakona – obcego pokazanego w ostatnich scenach części pierwszej, ani żadnego innego stworzenia z poprzedniego filmu, łącznie z Trylobitem (potężny twór ośmiornico-podobny). Zobaczymy natomiast zupełnie nowego Obcego, nazwanego Neomorf i poznamy jego kolejne fazy rozwoju. Nie zabraknie zatem brutalnych scen „narodzin” nowej formy Chestburstera.
Możliwe, że w filmie ujrzymy, prócz Neomorfa, także drugą postać Obcego, która będzie mocno zbliżona do klasycznego wyglądu Ksenomorfa, znanego z filmów Sagi „Obcy