Na Ziemię przybywa Deoxys. Zostaje zaatakowany przez pokemona Rayquaza i zostaje pokonany, zamieniając go w kryształ który wpada do morza . Inny kryształ który przybył wraz z przybyszem z kosmosu zabierają naukowcy aby go zbadać.
4 lata później Deoxys odnawia się i wyrusza aby odnaleźć i odebrać zgubę. Do walki staje Ash, przyjaciele i Rayguaza.