Grupa naukowców pracuje w tajemniczym laboratorium na wykreowaniem najsilniejszego, najpotężniejszego Pokemona. W tym celu wykorzystują oni cząstkę DNA pobraną ze skamieniałego odłamka włosa legendarnego Pokemona Mew, używając jedynego w swoim rodzaju kodu genetycznego do stworzenia Mewtwo. Pracownicy laboratorium nie zdają sobie sprawy z siły, jaką posiadać będzie nowy Pokemon. Kiedy Mewtwo budzi się do życia giną wszyscy pracownicy instytutu a laboratorium ulega zniszczeniu. Pokemon zafascynowany swoją potęgą postanawia podporządkować sobie świat. Powstrzymać go mogą jedynie Ash, Misty, Brock i oczywiście Pikachu.

Grupa naukowców, na polecenie bardzo wpływowego i bogatego Giovanniego, konstruuje klona jednego z najbardziej tajemniczych pokemonów na świecie, mając do dyspozycji tylko jego włosy - Mew. Po wielu latach pracy udaje im się stworzyć doskonalszą wersję stworka - Mewtwo. Niestety natura pokemona nie jest łagodna i postanawia on działać na własną rękę. Ucieka od Giovanniego i zamierza podbić świat, wykorzystując do tego kilku nieświadomych niczego trenerów i ich pokemony. Wśród nich jest młody Ash z przyjaciółmi, Misty i Brockiem, którzy podejmują walkę za wszelką cenę.

Przed Wami pełne akcji i napięcia przygody, w których po raz pierwszy pojawia się Mewtwo - klon Pokemona stworzony w laboratorium z cząstki DNA włosa Mew - rzadko spotykanego Pokemona. Chcąc udowodnić swą wyższość, Mewtwo wyzywa Asha, Pikachu i inne Pokemony na pojedynek, jakiego jeszcze nie było. Mewtwo przeciwko Mew. Superklon kontra Pokemon. Oto rozstrzygający pojedynek, w którym... ważą się przyszłe losy świata!