"Prymasa" rozpoczyna scena uprowadzenia Kardynała Wyszyńskiego z Pałacu Prymasowskiego. Równocześnie z więzienia w Rawiczu zostaje zabrany więziony tam za nauczanie religii ksiądz Stanisław, a z więzienia w Grudziądzu współpracująca ze strażnikami, zastraszona zakonnica Leonia... Oboje będą stanowić swoistą "świtę" Prymasa w miejscu odosobnienia w Stoczku Warmińskim.
Podsłuchiwany i szpiegowany Kardynał, manipulowany przez Komendanta, ma się załamać. Plan władz PRL zawiera także drastyczniejsze środki... Prymas próbuje zrozumieć dramatyczną sytuację, w której się znalazł on, Kościół Katolicki i cała Polska. Nie ocenia, nie szuka winnych... Ksiądz Stanisław, wbrew woli Prymasa, nie tylko podejrzewa Leonię o współpracę z Komendantem, ale znajduje na to dowody. Udaje mu się przekazać na zewnątrz informację o miejscu uwięzienia Wyszyńskiego. Liczy, że dzięki temu plany oprawców ulegną zmianie. Czy diabelski "wariant trzeci" wprowadzony przez Bieruta uda się zrealizować?

W filmie obserwujemy trzy lata z życia Prymasa Tysiąclecia Stefana Wyszyńskiego. Ponieważ głosił on kontrowersyjne poglądy krytykujące tamtejszy ustrój władzy oraz demaskujące fałszywość ludzi rządzących w ojczyźnie, uważany był przez wielu Polaków za duchowego przywódcę i pastora narodu. Jednak władze PRLu nie pozwoliły głosić mu propagandy, wydając tym samym natychmiastowy rozkaz aresztowania Prymasa i nakłonienia go do współpracy.

Jeden człowiek staje przeciwko zorganizowanemu systemowi przemocy i kłamstwa. Wierny wyznawanym zasadom nie daje się złamać. Jego zwycięstwo staje się początkiem zwycięstwa narodu.
Film "Prymas - trzy lata z tysiąca" to dramatyczna opowieść o wydarzeniach, które zadecydowały nie tylko o losach Kościoła katolickiego w Polsce, lecz także Naszego kraju...
Starsi odnajdują w tym filmie wierne świadectwo swojego pokolenia; młodzi mogą zrozumieć, dlaczego Kardynał Stefan Wyszyński nazywany jest Prymasem Tysiąclecia.
[opis dystrybutora]

Polska, początek lat 50. Władze komunistyczne prowadzą represyjną politykę wobec Kościoła katolickiego. Ich działania nie podobają się kardynałowi Stefanowi Wyszyńskiemu, który publicznie krytykuje kolejne posunięcia rządzących. Bolesław Bierut podejmuje decyzję o aresztowaniu duchownego. 25 września 1953 roku zostaje on w tajemnicy wywieziony z Warszawy i osadzony w opuszczonym klasztorze w Stoczku Warmińskim wraz z księdzem Stanisławem Skorodeckim oraz siostrą Marią Leonią Graczyk. Ich zadaniem jest szpiegowanie kardynała.

"Prymas - trzy lata z tysiąca" - to opowieść o kardynałe Stefanie Wyszyńskim. Poznajemy w tym filmie Polskę z okresu walki z kościołem. Wyszyński staje się niewygodny dla władzy, która najchętniej chciałaby się go pozbyć. Umieszczany w różnych miejscach odosobnienia jest nieustannie nakłaniany do współpracy i zmiany swego stanowiska. Wyszyńskiemu w jego więzieniach towarzyszy ksiądz Stanisław i siostra Leonia, która zastraszona postanawia donosić na Prymasa.

Kierowanie Kościołem w Polsce przypadło kardynałowi Wyszyńskiemu w szczególnym momencie. Nominacja na arcybiskupa gnieźnieńskiego i warszawskiego, a tym samym prymasa Polski, nastąpiła niemal w przeddzień zjednoczeniowego zjazdu PZPR, po którym rozpoczął się represyjny etap polityki władz wobec Kościoła. Pod pretekstem działalności antypaństwowej na początku lat 50. komunistyczne władze PRL aresztują wielu biskupów i księży i dokonują konfiskaty znacznej części majątku Kościoła. Kardynał Stefan Wyszyński w publicznych wystąpieniach zdecydowanie przeciwstawia się bezprawnemu działaniu władz. Ówczesny premier, Bolesław Bierut, postanawia wyeliminować politycznego przeciwnika i podejmuje decyzję o odizolowaniu duchowego przywódcy od społeczeństwa. Po uzyskaniu akceptacji radzieckich zwierzchników 25 września 1953 r. aresztuje księdza prymasa. Stefan Wyszyński zostaje w tajemnicy wywieziony z Warszawy i osadzony w opuszczonym, zrujnowanym klasztorze w Stoczku Warmińskim. Z więzienia w Rawiczu zostaje jednocześnie sprowadzony ksiądz Stanisław Skorodecki skazany za nauczanie religii w szkole. Do Stoczka trafia również wyznaczona do posług siostra Leonia, przetrzymywana wcześniej z innymi zakonnicami w więzieniu w Grudziądzu. Zadaniem obojga jest składanie relacji ze wszystkiego, co się dzieje wokół kardynała, a czego UB nie jest w stanie podejrzeć lub podsłuchać, informowanie o niemal każdym jego słowie. Komendant liczy, że za ich namową prymas dobrowolnie zrzeknie się wszelkich funkcji kościelnych. Wielomiesięczna presja psychiczna (izolacja, ciągły nadzór, zakaz korespondencji, obejmujący nawet listy do i od ojca) oraz fizyczna (surowe warunki, zimno, niedożywienie, brak dostępu do lekarza pomimo choroby) nie załamują duchownego. Siły i wytrwałości dodaje mu niezłomna wiara, żarliwa modlitwa, serce wolne od nienawiści. Komendanta zastępuje jego zwierzchnik, diaboliczny pułkownik, który sprowadza do klasztoru sobowtóra księdza prymasa, niejakiego Molendę. Całymi tygodniami Molenda uczy się naśladować sposób mówienia i poruszania się Wyszyńskiego, jego gesty, ruchy, ton głosu. Gdy już będzie gotowy, ma - zgodnie z planem - na zorganizowanym przez UB zebraniu biskupów zrzec się, jako rzekomy prymas, zwierzchnictwa nad Kościołem polskim.