Ksawery, tancerz występujący na scenie jako drag queen, odwiedza mieszkającego na wsi dziadka, Jana. Staruszek ukrywa mroczny sekret, ciążący nad nim od wielu lat. Ksawery wraz z towarzyszącą mu żydowską przyjaciółką planuje bolesną konfrontację z Janem na temat jego przeszłości.

Jan jest dziadkiem Ksawerego. Na stare lata opiekuje się swoim małym domkiem na wsi i oczekuje odwiedzin wnuka. Ksawery tańczy na scenie i występuje jako drag queen. Dziadek jest dla niego autorytetem. W ich życiu nagle pojawia się Karolina, którą interesuje polsko-żydowska przeszłość. Dziewczyna uczy się języka jidysz i szpera w archiwach. W trakcie swoich poszukiwań odkrywa, że dziadek Jan w trakcie wojny należał do sprawców... "Sekret" Wojcieszka to filmowy eksperyment; próba wizualizacji polsko-żydowskiej przeszłości, historii, która wpływa na kolejne pokolenia. Jednocześnie relacje trójki głównych bohaterów mają stanowić punkt wyjścia do dyskusji na temat tolerancji i granic zaufania.