Rodzina przyjeżdża na pogrzeb ukochanego dziadka. Podczas stypy okazuje się, że w loterii padły właśnie numery, którymi grał przez całe życie, a zwycięski kupon… został pochowany wraz z nim.

W wyniku nawałnicy został uszkodzony most łączący świat żywych ze światem umarłych. W związku z tym, wiadomość o jej śmierci, dociera do Marii z opóźnieniem. Maria jak gdyby nic, wychodzi do pracy, ale ludzie wokół zaczynają ją lekceważyć. Widzą ją bliscy, dla innych staje się obojętna. Maria nie wie co zrobić, wraca do domu rodzinnego. Wraca do Matki, do miejsca, które opuściła za życia. Do domu Matki przywieziono już jej ciało. Zaczynają się tradycyjne obrzędy. Łapiduch oporządza ciało przed pochówkiem. Rodzina stara się nakłonić Marię, by zobaczyła ciało i się zidentyfikowała. To warunek konieczny, by dotarło do niej, że nie żyje. Pogodzenie się z tym faktem, ma jej oraz jej bliskim przynieść ulgę. Ale Maria buntuje się. Nie zgadza się na śmierć.

W tytułowej Dolinie Bogów krzyżują się trzy wątki narracyjne, które prowokują widza do własnych interpretacji. Pierwszy to archaiczna legenda Indian Navajo o bogach zamkniętych w skałach doliny Valley of the Gods pełna bogatej symboliki i archetypów. Drugi to historia najbogatszego człowieka globu, tajemniczego Wesa Taurosa (John Malkovich), który dotknięty osobistą tragedią, ukrywa się przed światem. Trzeci wątek jest historią narratora, Johna Ecasa (Josh Hartnett), pisarza, który zmaga się z traumatycznym rozstaniem z żoną i twórczym kryzysem. W tym czasie firma Taurosa eksploatująca rudę uranu przejmuje Dolinę Bogów, gdzie planuje drążyć tunele w świętej ziemi. Spokój przodków Navajo zostaje zburzony a skały rodzą mściciela. Widz pozostaje z pytaniami: Jak daleko można posunąć się dla miłości? Jakie tajemnice skrywa mityczna ziemia Navajo?

Nieinteresujący się polityką student malarstwa zostaje zatrzymany przez patrol milicji. Odnalezienie w jego mieszkaniu przechowywanej dla kolegi walizki z ulotkami skutkuje oskarżeniem o współpracę z opozycją.

Dwóch przyjaciół, pod opieką wuja jednego z nich, wyrusza na poszukiwanie skarbu.