Pół roku od emisji ostatniego odcinka, Gintoki wraca do anime. Gdy dociera do domu, odkrywa, że nikt go nie pamięta, a jego miejsce zajął mężczyzna w prostych blond włosach, płacący na czas czynsz i przez wszystkich uwielbiany - Kintoki. Założyciel Yorozuyi nie zamierza zrezygnować z należnej mu pozycji za ponad 250 odcinków ciężkiej pracy, jak i ze swoich przyjaciół. W Dzielnicy Kabuki rozpoczyna się pojedynek między srebrem a złotem. Jak się on potoczy? I co jeszcze czeka Gina, Shinpachi'ego i Kagurę?
Kon Hokaze najchętniej spędzałby czas grając w gry komputerowe. Pewnego dnia chłopak oferuje swą pomoc poznanej w wirtualnej rzeczywistości pięknej nieznajomej i w ramach wywiązania się z danej obietnicy, zostaje bez uprzedzenia wysłany do innego świata. Trafiając w sam środek zaciętej walki, przypadkowo ratuje z opresji księżniczkę Ecarlate wraz z jej świtą. Z braku innej opcji Kon przyłącza się do grupy przyszłej władczyni, szukając równocześnie sposobu powrotu do domu. W tym samym czasie ich śladem podąża grupa Incognito z Elekpylem Dukakisem na czele, próbująca za wszelką cenę nie dopuścić, by księżniczka dotarła do celu swej podróży.
Serial jest kolejną częścią przygód Gintokiego Sakaty i jego przyjaciół. Gintoki to weteran walk z Amanto - kosmitami którzy najechali na naszą planetę. Teraz gdy czasy się zmieniły samurajowie są jedynie reliktem przeszłości. Aby związać koniec z końcem ten srebrzysto-włosy samuraj podejmuje się różnego rodzaju zajęć, przez które zwykle wpada w niemałe tarapaty. Kłopoty lubią przyciągać także jego przyjaciele: Kagura i Shinpachi. Jednak co by się nie działo, ta trójka nigdy nie traci ducha i potrafi wyjść cało nawet z największych opresji.
Władze Japonii stają przed wielkim problemem jakim staje się znikanie mieszkańców państwa w niezrozumiałych okolicznościach. Sprawę mają zbadać Yushima Hiroshi i Satsuma Rentarou, którzy w trakcie śledztwa odkrywają, że masowe zniknięcia mają związek z otwieraniem wrót do nieznanego cyfrowego świata. Yushima, Satsuma i grupa naukowców wyruszają by zbadać nowy świat. Dziesięć lat po tych wydarzeniach z tajnego ośrodka DATS ucieka Agumon, cyfrowy potwór, który trafił na ziemię przez łączące Świat Realny oraz Digital World wrota. Jaki wpływ na wydarzenia miała wyprawa sprzed lat?
Shin'ichi jest uważany za współczesnego Sherlocka Holmesa. Podczas jednego ze swoich śledztw zostaje otruty, jednak trucizna zamiast zabić, zamienia go w dziecko.