Uciekający przed dawną zbrodnią Juzo Fujimaki w wyniku szantażu bierze udział w nielegalnym turnieju, w którym czekają go mordercze starcia z mistrzami sztuk walki.
Zanim bogowie zmiotą ludzkość z powierzchni ziemi, postanawiają dać jej ostatnią szansę na wykazanie się w walce. Ragnarok zdecyduje, czy ludzie zasługują na przetrwanie.
Kontynuacja wydarzeń z pierwszego sezonu Made in Abyss. Do podróżujących na dno Otchłani Riko i Rega dołącza Nanachi. Po przebyciu znajdującego się na piątej warstwie Oceanu Zwłok trafiają do placówki badawczej, gdzie swą siedzibę ma Bondrewd zwany Suwerenem Brzasku.