Po awarii silnika łodzi na Morzu Śródziemnym grupa uchodźców zostaje uratowana przez bogatych Europejczyków, którzy oferują im schronienie na idyllicznej wyspie. Jednak cud zamienia się w koszmar, gdy wybawcy stają się bezwzględnymi łowcami ludzi.

Chevalier Joseph Bologne staje się znanym muzykiem i szermierzem, stawiając czoła nieszczęsnej miłości.

Piętnastoletnia Leyna (Amandla Stenberg), córka białej Niemki i czarnoskórego ojca, poznaje Lutza (George MacKay) - syna znaczącego oficera SS oraz członka Hitlerjugend, do którego przynależność była obowiązkowa dla wszystkich aryjskich chłopców od 1936 roku. Leyna i Lutz zakochują się w sobie, narażając własne życia na niebezpieczeństwo, gdy wokół nich nasilają się prześladowania Żydów i osób "nieczystych rasowo".

Detektyw Harry Hole bada sprawę zaginięcia kobiety, której szalika użyto do przystrojenia ulepionego przed jej domem bałwana.

W piwnicy starego domu znaleziono zakopane kości. Policja rozpoczyna dochodzenie usiłując znaleźć sprawcę morderstwa sprzed lat.

Fabularnie "Dzieci Diuny" łączy w sobie wątki z drugiego i trzeciego tomu cyklu: "Mesjasza Diuny" i "Dzieci Diuny". Tematem filmu jest walka Paula Atrydy z zakonem Bene Gesserit, który nie potrafi kontrolować Muad'Diba, a także wydarzenia, które miały miejsce po odejściu Paula na pustynię, kiedy rozpoczęła się Ekologiczna Transformacja Diuny, a na Arrakis pojawił się tajemniczy starzec zwany Kaznodzieją.