Film dokumentalny oparty jest na analizie niemal stustronicowego, ściśle tajnego dokumentu, który na zawsze miał pozostać w archiwach wywiadu wojskowego PRL-u. Zawiera on skrupulatny opis działań podjętych przez specsłużby NKWD i UB wobec IV Zarządu Głównego Wolność i Niezawisłość. Przygotowano specjalną akcję, która zakończyła się spektakularnym sukcesem Urzędu Bezpieczeństwa. Całkowicie rozbito resztki podziemia niepodległościowego w Polsce. Skompromitowano też rząd RP na uchodźstwie. Na mocy umowy o współpracy pomiędzy delegaturą WiN a wywiadem USA wprowadzono do struktur CIA agentów NKWD.

Film ukazuje nieznane aspekty powstania w warszawskim getcie. Przede wszystkim: udział w walkach Żydów ortodoksyjnych oraz polskich organizacji konspiracyjnych. Nad placem Muranowskim powiewają dwie flagi: polska i żydowska. Na fladze żydowskiej błękit, który jest kolorem Tronu Chwały, symbolizuje właśnie ortodoksów. Ci na rozkaz rabina Menachema Ziemby przystąpili do walki dla uświęcenia Imienia Bożego. Biel, symbolizująca sprzeciw wobec asymilacji, odnosi się do Żydowskiego Związku Wojskowego. Tworzą go m.in. rewizjoniści z Betaru, a także rewizjoniści maksymaliści z Palestyny, którzy dążą do wyzwolenia żydowskiej ojczyzny spod panowania Brytyjczyków. W najgłębszej konspiracji powstają komórki Irgun Cwai Leumi (hebr. , Narodowa Organizacja Wojskowa), a żydowskich terrorystów szkoli przede wszystkim polskie wojsko. To oni stworzą zalążek Żydowskiego Związku Wojskowego. Obok flagi żydowskiej flaga polska. Biel na fladze to czystość serca, czerwień to krew przelana za ojczyznę. Z ŻZW współpracują polskie organizacje konspiracyjne: Zbrojne Wyzwolenie, Organizacja Wojskowa Korpus Bezpieczeństwa, strażacka Skała. W filmie po raz pierwszy wypowiadają się świadkowie należący do tych organizacji. "Tora i miecz" pokazuje także propagandowe wykorzystanie powstania w warszawskim getcie, które już od 1945 r. służyło do przykrycia powstania warszawskiego. Po kilkudziesięciu latach manipulacji trudno stworzyć wiarygodną wizję wydarzeń. Dlatego wizerunek Pawła Frenkla, legendarnego dowódcy ŻZW, odtwarza się z portretu pamięciowego. Mimo tworzenia w ostatnich latach mitu Warszawy dwóch powstań (żydowska i polska flaga nad placem Muranowskim) relacje o pierwszorzędnej wadze, zarówno polskie, jak i żydowskie, do dziś nie są brane pod uwagę w badaniach historycznych. Te właśnie świadectwa (dziennik rabina Hilela Seidmana i relacja Tadeusza Bednarczyka z komendy głównej OW - KB) zostały zacytowane w syntetycznej wizji historii warszawskiego getta - z uwzględnieniem wielu faktów, o których historia do tej pory milczała.

Film porusza sprawę sowieckich jeńców wojennych w Polsce w 1920 r. Ten temat nie istniał w świadomości społecznej w okresie PRL - u. Autorzy dokumentu podejmują próbę odpowiedzi na pytanie: jaka jest prawda na temat sowieckich jeńców w polskich obozach w 1920 roku. Narracja będzie prowadzona dwuwarstwowo: historycznie (rekonstrukcja wydarzeń z 1920 r.) oraz współcześnie (wywiady z rosyjskimi i polskimi historykami).