5000 tysięcy lat temu faraoni grali o władzę w Grę Cieni. Doprowadziła ona do wojny o ogromnych rozmiarach. Dopiero faraon Yami dał radę unicestwić potwory nękające ludzi i niszczące świat. W tym celu zamknął je w płytkach, tajemnicze moce, a z nimi także swą własną duszę schował w siedmiu przedmiotach. Po wiekach Solomon Muto wraz z grupą innych archeologów, wykopuje pudełko z puzzlami Yami'ego i wręcza je swemu wnukowi Yugiemu. To on układa puzzle i uwalnia faraona dzięki czemu zostaje napełniony pradawną energią i mocą. Właśnie on zostaje wybrany by nie dopuściś do powrotu Gry Cieni.

Ash wyrusza w podróż, by zostać najlepszym trenerem pokemonów na świecie.