Prom Heweliusz wpada w środek potężnego sztormu. Załoga i pasażerowie toczą dramatyczną walkę o przetrwanie, a ich rodziny na lądzie próbują ujawnić prawdę o katastrofie.

Wrocław, 22 maja 1963 roku. Łucja Winter – doświadczona oficer wywiadu – wraca z niebezpiecznej misji w Indiach, której cel jest owiany głęboką tajemnicą. Gdy wydaje się, że wszystko zakończy się sukcesem, w mieście wybucha epidemia ospy prawdziwej. Wrocław staje się miastem zamkniętym, w którym rozpoczyna się walka ze śmiertelnie groźnym i niewidzialnym przeciwnikiem. "Czarna śmierć" to historia, w której thriller medyczny w przenika się z pełną tajemnic opowieścią szpiegowską. Z jednej strony grupa lekarzy pod wodzą młodej i ambitnej Weroniki Przybysz (Anna Karczmarczyk) toczy heroiczną walkę ze śmiertelną chorobą, z drugiej prowadzone jest – przez dziennikarza lokalnej gazety Igora Bielika (Tomasz Ziętek) – śledztwo, które ma na celu wyjaśnienie tajemnicy pojawienia się ospy prawdziwej we Wrocławiu i ustalenie, kto był pacjentem zero. To opowieść o poświęceniu, pokonywaniu trudności, o lekarzach, którzy ryzykując własne zdrowie i życie walczą o życie pacjentów. To także historia o narastającej potrzebie wolności i prawdy, która jest silniejsza niż strach przed komunistyczną opresją. W serialu nie zabraknie humoru i dowcipu – mimo lęku przed chorobą ludzie we Wrocławiu musieli żyć i normalnie funkcjonować. Okazało się bowiem, że gdy w odciętym od świata miastem zaczęli rządzić lekarze, szybko skończyły się kolejki, towarów przestało brakować, a PRL-owska szarzyzna zaczęła nabierać powoli kolorów. Paradoksalnie, zamknięcie miasta przyniosło jego mieszkańcom powiew wolności i normalności, którego wcześniej tak bardzo brakowało. "Czarna śmierć" to historia inspirowana prawdziwymi wydarzeniami, które rozegrały się we Wrocławiu latem 1963 roku. Główna bohaterka serialu – Weronika Przybysz –wzorowana jest na doktor Alicji Surowiec, która za swoją postawę w trakcie epidemii ospy otrzymała tytuł Polki Roku 1963. Kierowała ona utworzonym specjalnie na potrzeby leczenia osób chorych na ospę szpitalem w miejscowości Szczodre k. Wrocławia i urządzonym tam izolatorium, mając – prócz siebie – do dyspozycji jedynie dwóch lekarzy. Mimo braku właściwych narzędzi, lekarstw, braku osób, opiekowała się śmiertelnie chorymi do ostatniego dnia epidemii. 

Historia Józefa, który trafia do osobliwego sanatorium, gdzie czas został cofnięty, by zmarli nie dostrzegli swojej śmierci. Magiczne pudełko optyczne pozwala mężczyźnie zobaczyć swojego ojca w różnych wcieleniach.

Hania i Janek biorą udział w protestach w obronie zdjęcia z afisza "Dziadów". Niebawem w młodych ludziach rodzi się uczucie.

Sandra po ukończeniu 18 urodzin znajduje pracę przy sprzątaniu po zmarłych.

Emil usiłuje pogodzić pracę architekta z opieką nad dzieckiem.

 Robert, młody milicjant "z zasadami", wpada na trop seryjnego mordercy gejów. W toku śledztwa poznaje Arka. Postanawia wykorzystać go jako informatora, nie zdając sobie sprawy, jak bardzo ta relacja wpłynie nie tylko na jego pracę, ale także życie osobiste.

Adam dorasta bez ojca, lotnika, który zaginął podczas II wojny światowej. Młody bohater stopniowo dojrzewa – a ważną rolę w tym procesie pełni zagraniczna kultura.

Perypetie grupy pracowników renomowanej restauracji, która specjalizuje się w kuchnii francuskiej.

Zbuntowana nastolatka, której ojciec zginął w wypadku na budowie, musi sama pojechać do Irlandii, aby sprowadzić ciało taty do Polski.

Powiązane historie o kobietach, które próbują się odnaleźć w dystopijnej przyszłości — świecie seksu jako obowiązku, emocjonalnej represji i patriarchalnej dominacji.

Historia najniebezpieczniejszego gangstera w Polsce, dla którego władza, bycie ponad stan i pieniądze stanowią priorytet.

Podczas powodzi stulecia w lesie na powierzchnię wypływa kolejne ciało, a wraz z nim korupcja, przekręty z lat 90. i długo skrywane tajemnice z czasów II wojny światowej.

Halina decyduje się stawić czoła przeciwnościom i walczyć o godność oraz sprawiedliwość.

Pracujący za granicą Adam niespodziewanie wraca do rodzinnego domu na Boże Narodzenie. Nikt z krewnych nie spodziewa się, jak wielki wpływ na ich życie będą miały dalsze wydarzenia wigilijnej nocy.