Film przełamuje nostalgiczny obraz, skierowany na bezrefleksyjne wspominanie postaci papieża i pokazuje, że w obliczu obecnego kryzysu świata cywilizowanego jego przesłanie jest nadal aktualne. Musimy tylko po nie sięgnąć. Jan Paweł II był prorokiem, który nie tylko przewidywał nadejście dziejowego przesilenia, lecz przede wszystkim na nie nas przygotowywał.
"Towarzysz generał idzie na wojnę" weryfikuje popularną tezę o wprowadzeniu stanu wojennego jako "mniejszym złu". Film obala mit Jaruzelskiego jako przywódcy, który rzekomo uchronił Polskę przed sowiecką interwencją.