Ziemski sojusz jest osłabiony, dlatego Harou zastanawia się nad sprzymierzeniem się z rasą Exif, która może sprowadzić na świat zagrożenie w postaci potężnego potwora.
Spokojne życie członka yakuzy, Yoshifumiego Nitty, zostaje wywrócone do góry nogami, gdy w jego domu pojawia się tajemnicza dziewczynka obdarzona potężnymi mocami psychokinetycznymi.
Piętnastoletnia zawodowa wiedźma, Kowata Makoto, opuściła Yokohamę wraz ze swoim kotem Chito, by zamieszkać u rodziny w pięknym, otoczonym dziewiczymi terenami mieście Aomori.
Bóg Yato, zbierając fundusze na własną świątynię, za niewielką opłatą udziela ludziom pomocy. Tym sposobem poznaje nastoletnią Hiyori, której dusza z nieznanych powodów opuszcza ciało.