Serial jest kolejną częścią przygód Gintokiego Sakaty i jego przyjaciół. Gintoki to weteran walk z Amanto - kosmitami którzy najechali na naszą planetę. Teraz gdy czasy się zmieniły samurajowie są jedynie reliktem przeszłości. Aby związać koniec z końcem ten srebrzysto-włosy samuraj podejmuje się różnego rodzaju zajęć, przez które zwykle wpada w niemałe tarapaty. Kłopoty lubią przyciągać także jego przyjaciele: Kagura i Shinpachi. Jednak co by się nie działo, ta trójka nigdy nie traci ducha i potrafi wyjść cało nawet z największych opresji.

Głównym bohaterem, jest Allen Walker, szarowłosy chłopak, który przez swój wygląd wyraźnie rzuca się w oczy. Jednak nie bez powodu, gdyż Allen jest egzorcystą , osobą posiadającą Innocence, niezwykłą broń przeciw akumom. Co to akuma? Otóż, jest to straszliwa broń, maszyna z przytwierdzoną do niej ludzką duszą. Stwory te są tworzone przez niejakiego Milenijnego Earla. Allen wraz z grupą egzorcystów musi, powstrzymać akumy, gdyż potrafią one tylko zabijać. Co będzie dalej? Czy Allenowi i innym posiadaczom Innocence uda się powstrzymać Earla?