W San Francisco szerzy się plaga zombie. Ofiary łączy to, że niedawno odwiedziły wyspę Alcatraz. Chris Redfield i jego zespół wyruszają do niesławnego więzienia, aby zbadać sprawę.

W bliżej nieokreślonej przyszłości, wszyscy noszą okulary które nakładają na świat rzeczywisty jego odbicie w cyberprzestrzeni, również umożliwiają wykonywanie telefonów i obsługę programów przy pomocy prostych ruchów ręką. W mieście Daikoku, cyberprzestrzeń zachowuje się inaczej niż gdziekolwiek indziej, dochodzi tu do dziwnych wypadków, właścicielom giną ich "cyber zwierzaki", a w cyberprzestrzeni miasta znajduje się dużo niezbadanych obszarów. Zagadkami cyberprzestrzeni Daikoku zajmuje się organizacja detektywistyczna Coil, złożona z dzieci, które wydają się lepiej niż dorośli zauważać tajemnice otaczającej ich cyberprzestrzeni.

Podczas świąt Bożego Narodzenia trójka tokijskich bezdomnych znajduje na śmietniku niemowlę. Przyjaciele postanawiają odszukać rodziców dziecka.