Dwóch żołnierzy armii Frieza przybywa na Ziemię w poszukiwaniu Smoczych Kul. Pragną przywrócić do życia swojego przywódcę.

Natsu, Lucy oraz towarzyszący im magowie z gildii Fairy Tail powracają, aby chronić ludzkość przed potężnymi wrogami.

Historia rozgrywa się w świecie w którym zjawiska nadprzyrodzone zostały całkowicie wyjaśnione w sposób naukowy. Główny bohater Kamijou Touma mieszka w "mieście szkół" zajmującym większość zachodnich rejonów Tokio. Szkoły znajdujące się na tym terenie kształtują u swoich uczniów zdolności nadprzyrodzone od poziomu 0 do poziomu 5. Touma sklasyfikowany jest na poziomie 0, co jest dla niego źródłem frustracji i braku zrozumienia wśród kolegów. Jedyną zdolnością jaką posiada, jest siła w prawej ręce, która niweluje zdolności paranormalne innych osób. Pewnego dnia na balkonie jego mieszkania pojawia się dziewczyna ubrana w biały habit, która w swojej pamięci zarejestrowała całą wiedzę magiczną znaną światu i z tego powodu jest ścigana przez magów. Od tej pory Touma wplątuje się w walkę między czarodziejami pragnącymi zapanować nad światem.