Kontynuacja wydarzeń z pierwszego sezonu Made in Abyss. Do podróżujących na dno Otchłani Riko i Rega dołącza Nanachi. Po przebyciu znajdującego się na piątej warstwie Oceanu Zwłok trafiają do placówki badawczej, gdzie swą siedzibę ma Bondrewd zwany Suwerenem Brzasku.
Nieśmiała Natsu po przebudzeniu dowiaduje się, że należy do grupy wybrańców, którzy mają zapewnić ciągłość rasy ludzkiej. Razem muszą przetrwać na odmienionej Ziemi.