Rebelianci atakują Ziemię. Beztroski dziedzic, który zostaje głównym podejrzanym, wstępuje do specjalnej jednostki wojskowej, aby znaleźć na Księżycu prawdziwego winnego.
Kafka od małego pragnął zostać członkiem Sił Obronnych i walczyć z potworami. Kiedy przypadkowo sam zyskuje zdolność przekształcania się, postanawia spełnić swoje marzenie.
W lecie 1989 roku czterech chłopców z Tokio jest świadkami nadejścia Gamery – żółwia kaiju, który odważnie stawia czoła olbrzymim potworom pożerającym ludzi.
Hitomi, Rui i Ai to siostry-włamywaczki. Wykradają z muzeum obraz mniej więcej w tym samym czasie, co Lupin Trzeci kradnie inny. Dzieła należą do serii pędzla Michaela Heinza, "Dziewczyna z kwiatami". Mogą pomóc znaleźć zaginionego ojca sióstr. Odkrycie, że szuka ich także Lupin, rozpala w nich ogień.
W opustoszałym, opanowanym przez bańki, nękanym anomaliami grawitacyjnymi Tokio młody człowiek spotyka tajemniczą dziewczynę. Ich znajomość jest brzemienna w skutki.
Tsubasa Oozora rozpoczyna piłkarską karierę i walczy o spełnienie swoich największych marzeń, w tym występ na mistrzostwach świata z reprezentacją Japonii.
Stacja Aragane zostaje zniszczona przez agresywne nieumarłe istoty znane jako Kabane. Grupa ocalałych wyrusza pancernym pociągiem w poszukiwaniu nowego schronienia.