Boruto rozpoczyna swoją drogę ninja, chcąc wydostać się z cienia ojca i zdobyć nowe umiejętności oraz przyjaciół.

Uczeń Nagai Kei staje się wrogiem ludzkości, kiedy po śmiertelnym wypadku odradza się jako jeden z Ajin.

Arata zapisuje się do szkoły magów, gdzie poznaje grupę najzdolniejszych uczennic. Ich umiejętności mogą mu pomóc w odnalezieniu zaginionej kuzynki.