Poszukując formy ekspresji, Kabo wkracza w nieznany mu świat tańca.

Kiedy uczennice akademii Shinyo zaczynają znikać w tajemniczych okolicznościach, podejrzenie pada na lokalną miejską legendę - anioła śmierci znanego jako Boogiepop.

Amagi Sougo jest chłopcem, który mieszka w mieście znajdującym się w Ogrodzie Indigo. Mieszkańcy tego miasta utrzymują się dzięki wydobyciu kryształów znajdujących się w podziemiach. Sougo, którego hobby to zbieranie rzadkich okazów tego surowca, zostaje wciągnięty w spór między jego znajomą z klasy - Kaon a jej rodziną. Podczas ucieczki Amagi oraz Kaon wpadają do wielkiego dołu, będącego odwiertem górniczym i odkrywają tam podziemne jezioro, gdzie poznają tajemniczą niebieskowłosą dziewczynę...

Tokaku, jedna z dwunastu zabójczyń, postanawia uchronić od śmierci Haru, która jest jej następnym celem.