W postapokaliptycznym świecie opanowanym przez stworzone przez obcych "Mechaniczne formy życia", ludzkość przygotowuje się do ostatniego starcia. Zmuszeni do ucieczki na Księżyc w poszukiwaniu schronienia, ludzie pokładają nadzieję w grupie stworzonych przez siebie androidów zwanych żołnierzami YoRHa.
Pewnego dnia Yomogi Asanaka, uczeń pierwszego roku liceum Fujiyokidai, poznaje tajemniczego mężczyznę o imieniu Gauma, który twierdzi, że jest "użytkownikiem kaiju". Po nagłym pojawieniu się potworów, do akcji wkracza także gigantyczny robot DYNAZENON. Yomogii i jego przyjaciele, którzy znaleźli się w niewłaściwym miejscu o niewłaściwym czasie, zostają wciągnięci w walkę z kaiju.
Kiedy uczennice akademii Shinyo zaczynają znikać w tajemniczych okolicznościach, podejrzenie pada na lokalną miejską legendę - anioła śmierci znanego jako Boogiepop.