Prom Heweliusz wpada w środek potężnego sztormu. Załoga i pasażerowie toczą dramatyczną walkę o przetrwanie, a ich rodziny na lądzie próbują ujawnić prawdę o katastrofie.

Wrocław, 22 maja 1963 roku. Łucja Winter – doświadczona oficer wywiadu – wraca z niebezpiecznej misji w Indiach, której cel jest owiany głęboką tajemnicą. Gdy wydaje się, że wszystko zakończy się sukcesem, w mieście wybucha epidemia ospy prawdziwej. Wrocław staje się miastem zamkniętym, w którym rozpoczyna się walka ze śmiertelnie groźnym i niewidzialnym przeciwnikiem. "Czarna śmierć" to historia, w której thriller medyczny w przenika się z pełną tajemnic opowieścią szpiegowską. Z jednej strony grupa lekarzy pod wodzą młodej i ambitnej Weroniki Przybysz (Anna Karczmarczyk) toczy heroiczną walkę ze śmiertelną chorobą, z drugiej prowadzone jest – przez dziennikarza lokalnej gazety Igora Bielika (Tomasz Ziętek) – śledztwo, które ma na celu wyjaśnienie tajemnicy pojawienia się ospy prawdziwej we Wrocławiu i ustalenie, kto był pacjentem zero. To opowieść o poświęceniu, pokonywaniu trudności, o lekarzach, którzy ryzykując własne zdrowie i życie walczą o życie pacjentów. To także historia o narastającej potrzebie wolności i prawdy, która jest silniejsza niż strach przed komunistyczną opresją. W serialu nie zabraknie humoru i dowcipu – mimo lęku przed chorobą ludzie we Wrocławiu musieli żyć i normalnie funkcjonować. Okazało się bowiem, że gdy w odciętym od świata miastem zaczęli rządzić lekarze, szybko skończyły się kolejki, towarów przestało brakować, a PRL-owska szarzyzna zaczęła nabierać powoli kolorów. Paradoksalnie, zamknięcie miasta przyniosło jego mieszkańcom powiew wolności i normalności, którego wcześniej tak bardzo brakowało. "Czarna śmierć" to historia inspirowana prawdziwymi wydarzeniami, które rozegrały się we Wrocławiu latem 1963 roku. Główna bohaterka serialu – Weronika Przybysz –wzorowana jest na doktor Alicji Surowiec, która za swoją postawę w trakcie epidemii ospy otrzymała tytuł Polki Roku 1963. Kierowała ona utworzonym specjalnie na potrzeby leczenia osób chorych na ospę szpitalem w miejscowości Szczodre k. Wrocławia i urządzonym tam izolatorium, mając – prócz siebie – do dyspozycji jedynie dwóch lekarzy. Mimo braku właściwych narzędzi, lekarstw, braku osób, opiekowała się śmiertelnie chorymi do ostatniego dnia epidemii. 

Pod koniec lat 80. młoda Ela szuka siebie. Znajduje azyl w trójmiejskiej alternatywie, aż rzeczywistość zmusza ją do konfrontacji.

Kalina Jędrusik - zjawiskowa aktorka i piosenkarka. Ma opinię naczelnej skandalistki i seksbomby PRL, polskiej Marilyn Monroe, a przecież największy skandal dopiero się zacznie...

Młoda lekarka Magda spotyka przypadkiem tajemniczego i przystojnego dziennikarza Mateusza. Zauroczona nowo poznanym mężczyzną nie wie, że nad rodzącym się uczuciem od początku wisi złe fatum.

Lata 40. XX wieku, Leon wraz z synami pracują jako piaskarze na Wiśle. Pewnego dnia mężczyźni wyławiają z rzeki dwie Żydówki.

Serial przedstawia wydarzenia związane z oddziałem o kryptonimie „Pazur”, działającego w czasie II wojny światowej w Warszawie, w strukturach kontrwywiadu Komendy Głównej Związku Walki Zbrojnej - Armii Krajowej. Jego pierwowzorem był słynny oddział bojowy kontrwywiadu o kryptonimie „Wapiennik”, który powstał w 1941 r., a jednym z jego głównych zadań była likwidacja osób skazanych wyrokami sądów podziemnych. Wydarzenia, o których mowa w serialu zainspirowane zostały prawdziwymi akcjami, o których głośno było w okupowanej Warszawie. Głównymi bohaterami serialu są dwaj przyjaciele: dowódca „Pazura”, Leszek Zaręba, ps. „Onyks” i Tadeusz Korzeniewski ps. „Dager”. Pierwszy - sumienny i opanowany, idzie na akcje ze stuprocentową precyzją i skutecznością. Jednak z każdym dniem rosną w nim wątpliwości, co do moralnego wymiaru takiego postępowania, a wyrzuty sumienia coraz częściej nie pozwalają mu zasnąć. Drugi, wręcz przeciwnie. Okupacyjna rzeczywistość budzi w nim coraz większe pragnienie odwetu na Niemcach, legitymuje posługiwanie się złem w imię wyższych celów.

Pośród walki o wolną Polskę dwaj legioniści zakochują się w tej samej dziewczynie.

Podczas powodzi stulecia w lesie na powierzchnię wypływa kolejne ciało, a wraz z nim korupcja, przekręty z lat 90. i długo skrywane tajemnice z czasów II wojny światowej.

Siedem epizodów opowiadających historię krakowian, które spaja św. Albert Chmielowski będący przewodnikiem widza.